XIX əsrin əvvəllərində Qafqazın Rusiya tərəfindən işğalından sonra aparılmış yeni inzibati ərazi bölgüyə əsasən Zəngəzur qəzası Gəncə quberniyasına tabe edilmiş, Sisyan, Qafan, Mehri, Zəngilan, Qubadlı və Laçın buraya daxil olunmuşdur.
1920-ci ilin 28 aprel işğalından sonra bolşeviklərin köməyi ilə qədim türk torpaqları hesabına ilk dövlətlərini quran ermənilər Zəngəzur qəzasını işğal etmişlər. Bu zaman bolşevik Rusiyasının təkidi ilə Zəngəzur Azərbaycanın əlindən alınaraq, Ermənistana birləşdirilmişdir. Nəticədə, qəzanın yuxarı hissəsi Ermənistanın, Laçın, Qubadlı və Zəngilan bölgələri isə Azərbaycanın tərkibində qalmışdır.
Zəngilanın ərazisi şərqdən Həkəri çayından Mehri dağ silsiləsinə qədər olan ərazini əhatə edir. Şimaldan Qubadlı, Şərqdən Cəbrayıl rayonu, cənubdan Araz çayı boyunca İran İslam Respublikası, qərbdən isə Ermənistanın Mehri və Qafan rayonları ilə həmsərhəddir.
Zəngilan respublikanın dağətəyi ərazisində yerləşməklə iqtisadi cəhətdən əsasən kənd təsərrüfatı istiqamətli olmuş, 29 kolxoz-sovxozu, 1 arıçılıq təsərrüfatını, 4 kooperativi və 3 kəndli-fermer təsərrüfatını əhatə etmişdir. Ərazisində 21 dəmiryol müəssisəsi və 6 dəmir yol vağzalı fəaliyyət göstərmişdir.
Füzuli və Cəbrayıl rayonları işğal olunduqdan sonra zəngilanlılar 67 gün tam mühasirə şəraitində ermənilərlə vuruşmuşdur. 25-29 oktyabr 1993-cü ildə Zəngilan rayonunun əhalisi son anadək vuruşaraq, 235 nəfər şəhid və itkin verərək Araz çayını keçmiş, İran İslam Respublikasının ərazisi ilə keçərək Azərbaycanın 43 rayonunda müvəqqəti məskunlaşmışlar.
Erməni vandalizmi nəticəsində rayonun kəndlərindəki onlarla qədim tarixi və dini abidələr, ziyarətgahlar, tarixi memarlıq abidələri darmadağın, məhv edilərək Azərbaycan tarixinə, mədəniyyətinə, dininə böyük zərbə vurulmuşdur.
2020-ci il sentyabr ayının 27-də başlayan Vətən müharibəsi zamanı Ordumuz tərəfindən düşmən qüvvələrinə sarsıdıcı zərbə vurulması və 30-dan çox yaşayış məntəqəsinin işğaldan azad edilməsi, Azərbaycan Silahlı Qüvvələrinin Zəngilan rayonunun inzibati hüdudlarına çatmasına şərait yaratmışdır. Azərbaycan Silahlı Qüvvələri 2020-ci il oktyabrın 18-də Zəngilan rayonunun azad edilməsi uğrunda əməliyyata başlamışdır. Oktyabrın 20-də Azərbaycan Prezidenti İlham Əliyev xalqa növbəti müraciəti zamanı Zəngilan rayonunun Havalı, Zərnəli, Məmmədbəyli, Həkəri, Şərifan, Birinci Muğanlı və Zəngilan şəhərinin işğaldan azad edildiyini elan etmişdir. Zəngilan döyüşləri nəticəsində Zəngilan şəhəri, rayonun 4 qəsəbəsi və 49 kəndi işğaldan azad edilmişdir.
2020-ci il noyabr ayının 26-da “Zəngilanın azad olunmasına görə” medalı təsis edilmişdir. Müzəffər Ali Baş Komandan, Prezident İlham Əliyevin sərəncamları ilə Zəngilan rayonunun işğaldan azad edilməsi uğrunda aparılmış döyüş əməliyyatlarında iştirak edərək şəxsi igidlik və şücaət nümayiş etdirmiş Azərbaycan Respublikası Silahlı Qüvvələrinin 6974 hərbi qulluqçusu “Zəngilanın azad olunmasına görə” medalı ilə təltif olunmuşdur.
Prezident İlham Əliyevin 31 iyul 2023-cü il tarixli Sərəncamı ilə Azərbaycan Respublikasının işğaldan azad edilmiş əraziləri üzrə şəhər günləri təsis edilmişdir. Sözügedən Sərəncama əsasən 20 oktyabr Zəngilan şəhəri günü kimi müəyyən olunmuşdur.
